Z roku na rok rośnie liczba kontroli podatkowych w przedsiębiorstwach, podczas których urzędy kontroli skarbowej sprawdzają również transakcje realizowane pomiędzy powiązanymi ze sobą przedsiębiorstwami. Ze szczególną uwagą badane są także transakcje z przedsiębiorstwami z siedzibą w tzw. rajach podatkowych. (problem transfer pricing)
Od 2003 r. opodatkowane transakcje realizowane pomiędzy powiązanymi ze sobą przedsiębiorstwami muszą być wskazywane poprzez ich specjalne oznaczenie w deklaracji podatkowej. W ten sposób inspektorzy kontroli skarbowej w prosty sposób są w stanie zidentyfikować te przedsiębiorstwa i przeprowadzić szczegółową kontrolę właściwych transakcji.
Jeżeli podczas kontroli skarbowej stwierdzone zostanie naruszenie prawa w tym aspekcie, może mieć to negatywny wpływ finansowy na dane przedsiębiorstwo. Zgodnie z ustawą o podatku dochodowym od osób prawnych organa podatkowe mają prawo do samodzielnego określenia wysokości zobowiązania podatkowego, jeżeli ceny zastosowane w transakcjach z powiązanym przedsiębiorstwem nie są zgodne z cenami rynkowymi.
Jedyną alternatywą dla uniknięcia szacowania podstawy opodatkowania przez urzędy kontroli skarbowej jest sporządzenie stosownej dokumentacji odnośnie do cen rozliczeniowych. Przed dokonaniem oszacowania wysokości zobowiązania podatkowego administracja skarbowa jest zobowiązana do oczekiwania przez 7 dni na przedłożenie przez podatnika dokumentacji tych transakcji.
Jeżeli dokumentacja ta nie zostanie przedłożona lub nie zostanie uznana, organa podatkowe dokonają kalkulacji wysokości dochodu podlegającego opodatkowaniu. Następnie na różnicę pomiędzy deklarowanym a określonym przez administrację skarbową dochodem podlegającym opodatkowaniu nałożona zostaje stawka podatkowa w wysokości 50%.